Pembinaan dan penanaman aqidah serta membiasakan berperilaku baik yang merupakan karakteristik MIN 2 Kota Madiun dengan kegiatan:
I love Al-Qur’an
Baca Al-Qur’an 10 Menit sebelum pelajaran dan target khatam setiap tahun
Good Morning Student
Kegiatan guru menyambut datangnya murid-murid di pagi hari bersalaman setiap hari
Pagi Bersama Nabi (PBN)
Penanaman aqidah dan akhlak berkelompok setiap hari jum’at
Program Pembiasaan Akhlak
Doa pagi, Shlat Fardhu, Dzikir, Sholat Dluha, Infaq Jumat, dan Istighotsah
Pemantauan Ibadah dan Belajar
Tahfidz (Hafalan) Juz 30